Em 1245, D. Afonso foi nomeado, primeiro, Defensor e Procurador do Reino. Só em 1245, por morte de seu irmão D. Sancho, é que foi aclamado rei de Portugal.
Durante este reinado, os portugueses conquistaram todas as terras que estavam ainda na posse dos mouros, tais como: Faro, Albufeira, Perches e demais localidades algarvias.
Com tal sucesso, o Reino de Portugal, ficou mais ou menos com a delimitação de fronteiras que actualmente possui, terminando assim as lutas e conquistas ao mouros, em território nacional. Portugal entrou assim numa nova fase de organização política e administrativa, que muitas prosperidades lhe trouxe. D. Afonso lll e seus sucessores, a partir desta data, começaram a usar o título de Rei de Portugal e dos Algarves.
D. Afonso lll, teve lutas com o rei de Castela (ainda não existia Espanha) em 1250, que alegava direitos sobre a posse do Algarve.
Mas o Tratado de Badajoz, em 1267, entre os dois monarcas, pôs termo àquelas lutas, dando-lhes a posse definitiva desta província.
No desejo de conquistar as simpatias das classes populares, D. Afonso Henriques convocou em 1254, as chamadas Cortes de Leiria, em que, pela primeira vez, tomaram lugar representantes do povo, por intermédio de procuradores dos concelhos.
D. Afonso lll deu uma primorosa e cuidada educação a seu filho D. Dinis, futuro herdeiro do trono, para quem contratou mestres sábios e eminentes, como o português Domingo Jardo e o francês Américo de Ebrard.
Seus restos mortais encontram-se no mosteiro de Alcobaça.

OS LUSIADAS - CANTO III
(...)

94 -  Afonso III, o Conde Bolonhês
     "Por esta causa o Reino governou
     O Conde Bolonhês, depois alçado
     Por Rei, quando da vida se apartou
     Seu irmão Sancho, sempre ao ócio dado.
     Este, que Afonso o bravo, se chamou,
     Depois de ter o Reino segurado,
     Em dilatá-lo cuida, que em terreno
     Não cabe o altivo peito, tão pequeno.

95 -  Conquista do Algarve
     "Da terra dos Algarves, que lhe fora
     Em casamento dada, grande parte
     Recupera co'o braço, e deita fora
     O Mouro, mal querido já de Marte.
     Este de todo fez livre e senhora
     Lusitânia, com força e bélica arte;
     E acabou de oprimir a nação forte,
     Na terra que aos de Luso coube em sorte

D. Afonso III (Coimbra, 5 de Maio de 1210 – id., 16 de Fevereiro de 1279)
http://pt.wikipedia.org/wiki/Afonso_III_de_Portugal
cognominado O Bolonhês por haver sido casado com a Condessa de Bolonha, foi o quinto Rei de Portugal. Afonso III era o segundo filho do rei Afonso II e de sua mulher Urraca de Castela, e sucedeu a seu irmão Sancho II em 1248.
Guerra Civil - Deposição de D. Sancho II
Como segundo filho, Afonso não era suposto herdar o trono destinado a Sancho e por isso fez a vida em França, onde casou com a herdeira Matilde de Bolonha em 1238, tornando-se assim conde de Bolonha. Todavia, em 1246, os conflitos entre Sancho II e a Igreja tornaram-se insustentáveis e o Papa Inocêncio IV ordenou a substituição do rei pelo conde de Bolonha. Afonso não ignorou a ordem papal e dirigiu-se a Portugal, onde se fez coroar rei em 1248 após o exílio e morte de Sancho II em Toledo.
Até à morte de D. Sancho e a sua consequente coroação, D. Afonso apenas usou os títulos de Visitador, Curador e Defensor do Reino.
Para aceder ao trono, Afonso abdicou de Bolonha e divorciou-se de Matilda para casar com Beatriz de Castela. Decidido a não cometer os mesmos erros do irmão, o novo rei prestou especial atenção à classe média de mercadores e pequenos proprietários, ouvindo suas queixas. Em 1254, na cidade de Leiria convocou a primeira reunião das Cortes, a assembleia geral do reino, com representantes de todos os espectros da sociedade. Afonso preparou legislação que restringia a possibilidade das classes altas cometerem abusos sobre a população menos favorecida e concedeu inúmeros privilégios à Igreja. Recordado como excelente administrador, Afonso III organizou a administração pública, fundou várias vilas e concedeu o privilégio de cidade através do edito de várias cartas de foral.
A Reconquista
Com o trono seguro e a situação interna pacificada, Afonso virou a sua atenção para os propósitos da Reconquista do Sul da Península Ibérica às comunidades muçulmanas. Durante o seu reinado, Faro foi tomada com sucesso em 1249 e o Algarve incorporado no reino de Portugal. Após esta campanha de sucesso, Afonso teve de enfrentar um conflito diplomático com Castela, que considerava que o Algarve lhe pertencia. Seguiu-se um período de guerra entre os dois países, até que, em 1267, foi assinado um tratado em Badajoz que determina a fronteira no Guadiana desde a confluência do Caia até à foz, a fronteira luso-castelhana.
Segundas Núpcias
Em 1253, o rei desposa D. Beatriz, conhecida por D. Brites por distorção do povo, filha de D. Afonso X de Castela, O Sábio. Desde logo isto constituiu polémica pois D. Afonso era já casado com D. Matilde, Condessa de Bolonha.
O Papa Alexandre IV responde a uma queixa de D. Matilde ordenando ao rei D. Afonso que abandone D. Beatriz em respeito ao seu matrimónio com D. Matilde. O rei, muito astuto em questões diplomáticas, não obedeceu, mas procurou ganhar tempo neste assunto delicado. O problema ficou resolvido com a morte de D. Matilde em 1258 e o Infante D. Dinis, nascido durante a situação irregular dos pais, foi então legitimado em 1263.
O casamento funcionou como uma aliança que pôs termo à luta entre Portugal e Castela pelo Reino do Algarve. Também resultou em mais riqueza para Portugal quando D. Beatriz, já após a morte do rei, recebe do seu pai, Afonso X, uma bela região a Este do Rio Guadiana, onde se incluíam as vilas de Moura, Serpa, Noudar, Mourão e Niebla. Tamanha dádiva deveu-se ao apoio que D. Brites lhe prestou durante o seu exílio na cidade de Sevilha.
Excomunhão do Rei e do Reino
No final da sua vida, viu-se envolvido em conflitos com a Igreja, tendo sido excomungado em 1268 pelo arcebispo de Braga e pelos bispos de Coimbra e Porto, à semelhança dos reis que o precederam. O clero havia aprovado um libelo contendo quarenta e três queixas contra o monarca, entre as quais se achavam o impedimento aos bispos de cobrarem os dízimos, utilização dos fundos destinados à construção dos templos, obrigação dos clérigos a trabalhar nas obras das muralhas das vilas, prisão e execução de clérigos sem autorização dos bispos, ameaças de morte ao arcebispo e aos bispos e, ainda, a nomeação de judeus para cargos de grande importância.
O rei, que era muito querido pelos portugueses por decisões como a da abolição da anúduva (imposto do trabalho braçal gratuito, que obrigava as gentes a trabalhar na construção e reparação de castelos e palácios, muros, fossos e outras obras militares), recebeu apoio das cortes de Santarém em Janeiro de 1274, onde foi nomeada uma comissão para fazer um inquérito às acusações que os bispos faziam ao rei. A comissão, composta maioritariamente por adeptos do rei, absolveu-o. O Papa Gregório X, porém, não aceitou a resolução tomada nas cortes de Santarém e mandou que se excomungasse o rei e fosse lançado interdito sobre o reino em 1277.
À sua morte, em 1279, D. Afonso III jurou obediência à Igreja e a restituição de tudo o que lhe tinha tirado. Face a esta atitude do rei, o abade de Alcobaça levantou-lhe a excomunhão e o rei foi sepultado no Mosteiro de Alcobaça.