D. Carlos morreu vítima de um atentado no Terreiro do Paço (Praça do Comércio – Lisboa), no dia 1º de Fevereiro de 1908, quando regressava do Paço Real de Vila Viçosa (Alentejo).

Palácio Real de Vila Viçosa

          Casou em Maio de 1886, com a Princesa Maria Amélia Luísa Helena, nascida em Twickenham (Inglaterra) a 28 de 1865 e faleceu em Versalhes a 25 de Outubro de 1951.

Rainha D. Améla de Orleães e Bragança

          Era filha de Luís Filipe Alberto, Conde de Paris e Duque de Orleães e de sua esposa, Maria Isabel Francisca de Assis, Infanta de Espanha.
          No mesmo atentado que vitimou D. Carlos, também foi atingido mortalmente, o Príncipe herdeiro D. Luís Filipe Maria Carlos Amélio Francisco Vítor Manuel António Lourenço Miguel Rafael Gabriel Gonzaga Xavier Francisco de Assis Bento, nascido no Palácio de Belém a 21 de Março de 1887. Usava os títulos reais de Príncipe da Beira e Duque de Bragança e da Saxónia. Foi jurado de Príncipe Herdeiro do trono em Julho de 1901 e a partir de 13 de Abril de 1906, passou a fazer parte do Conselho de Estado.
          Neste atentado, saíram incólumes a rainha e ligeiramente ferido o Infante D. Manuel, mais tarde D. Manuel 2º.
          "A propaganda republicana continuava a fazer-se a todo o transe. Os partidos políticos da Monarquia, em vês de se unirem, guerreavam-se; não havia ordem nem autoridade, e assim, os governos não tinham estabilidade. D. Carlos, atendendo a esta confusão política e social, chamou ao poder o Conselheiro João Franco que, dissolvendo o parlamento, começou a governar em ditadura: Mas os ódios e as intrigas aumentavam entre os inimigos do regime, que discordavam da nova orientação governativa. Deu-se então um crime monstruoso: o assassínio de D. Carlos e do Príncipe herdeiro, D. Luís Filipe, no Terreiro do Paço (Lisboa), quando, no dia 1º de Fevereiro de 1908, regressavam de Vila Viçosa, com a Família Real.
            Em virtude deste lamentável e repugnante acontecimento, subiu ao trono o Infante D. Manuel, filho segundo de D. Carlos".
           A situação política complicou-se neste reinado com a agitação promovida pelo partido republicano, que aproveitara a oportunidade para desencadear violento ataque contra as instituições monárquicas, acusadas de não terem sabido evitar o insulto à Nação Portuguesa pela Inglaterra, pelo Ultimato. A propaganda continuou e levou em 31 de Janeiro de 1891, à Revolução do Porto, que foi dominada, mas deixou latente o espírito revolucionário. Por outro lado, os dois grandes partidos dinásticos, o Regenerador de Fontes Pereira de Melo e o Progressista, começaram a perder o prestígio pelas lutas mesquinhas em que se envolveram e, provocaram cisões que originaram novos partidos. Estas contendas complicaram-se cada vez mais, mercê do descalabro financeiro que já vinha de longe. O pânico provocado pelo Ultimato inglês, de 1891, deu origem à corrida aos bancos. O governo teve que decretar uma moratória geral e outras providências que levantaram o crédito muito lentamente e estabeleceram a calmaria. As lutas partidárias tornaram-se mais violentas quando João Franco Castelo Branco abandonou os regeneradores e fundou novo partido, que passou a orientar. Chamado ao poder em 1906, viu-se atacado de tal forma pelos restantes partidos que se sentiu impossibilitado de continuar. D. Carlos, porém, colocou-se a seu lado, dissolveu o Parlamento e confiou-lhe o encargo de governar em ditadura, em 1907.
          O partido republicano, a princípio quase limitado a um grupo de intelectuais, como Latino Coelho, Rodrigues de Freitas, Manuel de Arriaga, Teixeira de Queirós, e outros, foi, a pouco e pouco aumentando e conseguiu enviar ao Parlamento em 1878, o seu primeiro deputado, Rodrigues de Freitas. O ultimato inglês forneceu aos republicanos pretexto para agitarem a opinião pública contra as instituições monárquicas, consideradas responsáveis pelo agravo que Portugal sofrera. A propaganda encontrou eco favorável nas massas populares, nos meios académicos e burgueses. O partido engrossou e ramificou-se pelas cidades de Portugal. No Porto, formou-se um foco revolucionário dirigido pelo Dr. Alves da Veiga, o jornalista João Chagas e outros propagandistas. Aliciaram-se oficiais e conseguiram o apoio de dois regimentos, com os quais saíram para a rua no dia 31 de Janeiro de 1891. Proclamaram a República e formaram um governo provisório. Tendo, porém, comparecido alguns regimentos fiéis ao governo, os republicanos foram vencidos e os chefes julgados em tribunais militares. Liquidada esta primeira tentativa revolucionária, o partido republicano lançou-se na luta contra João Franco e contra o rei, que apoiava a sua ditadura.
          No sistema governativo que o liberalismo havia implantado em Portugal, o "o rei reinava mas não governava". O poder legislativo, representado pelo Parlamento, dominava o poder executivo e reduziu o monarca a simples Chefe da Nação, mas chefe sem iniciativa alguma. O seu papel limitava-se a chamar os ministros ao poder, de harmonia com as indicações parlamentares. As lutas partidárias haviam, porém, comprometido o regime e lançando sobre ele o descrédito, visto que os partidos, envolvidos em contendas, curavam mais dos seus interesses do que dos interesses nacionais e não tomavam as medidas administrativas que o País exigia. D. Carlos, que via com desgosto esta situação, resolveu intervir e entrar no caminho das reformas que lhe pareciam urgentes. Para isso fechou o Parlamento e chamou ao poder João Franco, solidarizando-se com ele e iniciou a luta contra as instituições parlamentares. Os primeiros decretos ditatoriais, apesar da sua importância, provocaram ataques violentos contra o Governo. Os partidos, afastados do poder, iniciaram uma verdadeira luta contra a ditadura franquista, enquanto os republicanos, favorecidos pela situação, aproveitaram o momento para conquistar novos adeptos entre os descontentes.
          D. Carlos foi um político desastrado que não soube ouvir as vozes do descontentamento popular. Foi, no entanto, um homem apreciador das tecnologias que começavam a surgir no princípio do século XX. Carlos instalou luz eléctrica no Palácio das Necessidades e fez planos para a electrificação das ruas de Lisboa. Embora fossem medidas sensatas, contribuíram para a sua impopularidade visto que o povo as encarou como extravagâncias desnecessárias. Carlos foi ainda um amante da fotografia e autor do espólio fotográfico da família real. Foi ainda um pintor de talento, com preferências por aguarelas de pássaros que assinava simplesmente como Carlos Fernando. Esta escolha de tema reflectia outra das suas paixões, a ornitologia.