No dia 1 de Fevereiro de 1908, de deu-se  um crime monstruoso em Lisboa: o assassínio de D. Carlos e do Príncipe herdeiro, D. Luís Filipe , no Terreiro do Paço, quando no dia 1 de Fevereiro de 1908, regressavam de Vila Viçosa , com a Família Real.
Em virtude deste lamentável e repugnante acontecimento, subiu ao trono o Infante D. Manuel, filho segundo de D. Carlos.

Regicídio - (Do diário de D. Manuel II)
«No dia 1 de Fevereiro regressavam suas Majestades EI-Rei D. Carlos I, a rainha, a Senhora Dona Amélia, e Sua Alteza o Príncipe Real, de Vila Viçosa onde ainda tinham ficado. Eu tinha vindo cedo (uns dias antes) por causa dos meus estudos de preparação para a Escola Naval. [...] Na capital estava tudo num estado de excitação extraordinária. [...] Depois do almoço estive a tocar piano muito contente porque naquele dia dava-se pela primeira vez o Tristão e Isolda de Wagner no teatro de S. Carlos. [...] Pouco depois recebi um telegrama da minha adorada Mãe dizendo-me que tinha havido um descarrilamento na Casa Branca, que não tinha acontecido nada, mas que vinham com três quartos de hora de atraso. [...] Dei graças a Deus, mas nem me passou pela mente, como bem se pode calcular, o que havia de acontecer. [...J
«Um pouco depois das 4 horas sal do Paço das Necessidades num landau com o visconde de Asseca em direcção ao Terreiro do Paço. [...] Finalmente chegou o barco em que vinham meus pais e meu irmão. Abracei-os e viemos seguindo até à porta [...], entrámos para a carruagem os quatro.
No fundo a minha adorada Mãe dando a esquerda ao meu pobre Pai. O meu chorado Irmão diante do meu Pai e eu diante da minha Mãe. O que agora vou escrever é o que me custa mais: ao pensar no momento horroroso que passei confundem-se-me as ideias. Que tarde e que noite mais atroz!
Saímos da estação bastante devagar. Minha Mãe vinha-me a contar como se passou o descarrilamento na Casa Branca quando se ouviu o primeiro tiro no meio do Terreiro do Paço, mas que eu não ouvi. Era sem dúvida o sinal para começar aquela monstruosidade. [...]
«Eu estava olhando para o lado da estátua de D. José e vi um homem de barba preta com um grande gabão. Vi esse homem abrir a capa e tirar uma carabina. Estava tão longe de pensar num horror destes que disse para mim mesmo: «Que má brincadeira.» O homem saiu do passeio e veio pôr-se atrás da carruagem e começou a fazer fogo. [...] Logo depois de o Buiça ter feito fogo (que eu não sei se acertou) começou uma perfeita fuzilada como numa batida às feras. [...] Saiu de baixo da arcada do Ministério um outro homem que desfechou uns poucos de tiros à queima-roupa sobre o meu pobre Pai. Uma das balas entrou pelas costas e outra pela nuca, o que o matou instantaneamente. [...] Depois disto não me lembro quase do resto: foi tão rápido! Lembro-me perfeitamente de ver minha adorada e heróica Mãe de pé na carruagem com um ramo de flores na mão gritando àqueles malvados animais: "Infames, infames."
«A confusão era enorme. [...] Vi o meu Irmão em pé dentro da carruagem com uma pistola na mão. [...]
«De repente, já na rua do Arsenal, olhei para o meu queridíssimo Irmão. Vi-o caído para o lado direito com uma ferida enorme na face esquerda, de onde o sangue jorrava como de uma fonte. Tirei um lenço da algibeira para ver se lhe estancava o sangue. Mas que podia eu fazer? O lenço ficou logo como uma esponja. [...]
Eu também fui ferido num braço por uma bala. Faz o efeito de uma pancada e um pouco de uma chicotada. [...]
«Agora que penso neste pavoroso dia e no medonho atentado parece-me e tenho quase a certeza (não quero afirmar porque nestes momentos angustiosos perde-se a noção das coisas) que eu escapei por ter feito um movimento instintivo para o lado esquerdo. [...]»

O atentado ficou-se a dever ao progressivo desgaste do sistema político português, vigente desde a Regeneração, em parte devido à erosão política originada pela alternância de dois partidos no Poder: o Progressista e o Regenerador. O Rei, como árbitro do sistema político, papel que lhe era atribuído pela constituição, havia designado João Franco para o lugar de Presidente do Conselho de Ministros (chefe do Governo). Este, dissidente do Partido Regenerador, solicitou ao Rei o encerramento do Parlamento para poder implementar uma série de medidas com vista à moralização da vida política. Com esta medida acirrou-se toda a oposição, não só a republicana (bastante activa em Lisboa), mas também a monárquica, liderada pelos políticos rivais de Franco. O Rei tornou-se então no alvo de todas as críticas, que acusavam Franco de governar em Ditadura. A questão dos Adiantamentos à Casa Real (regilarização das dívidas régias ao estado, sendo que a Lista Civil da Casa Real não era revista há mais de cinquenta anos), e a assinatura do Decreto de 30 de Janeiro de 1908, que previa a expulsão sumária para as colónias dos envolvidos numa intentona republicana ocorrida dois dias antes, precipitaram os acontecimentos. O Rei, a Rainha e o Príncipe Real encontravam-se então em Vila Viçosa, no Alentejo, onde costumavam passar uma temporada de caça no inverno. Os acontecimentos acima descritos levaram D.Carlos a antecipar o regresso a Lisboa, tomando o comboio, na estação de Vila Viçosa, na manhã do dia 1 de Fevereiro. A comitiva régia chegou ao Barreiro ao final da tarde, onde tomou o vapor D.Luís, com destino ao Terreiro do Paço, em Lisbou, onde desembarcaram, na Estação Fluvial Sul e Sueste, por volta das 17 horas da tarde. Apesar do clima de grande tensão, o rei optou por seguir em carruagem aberta, com uma reduzida escolta, para demonstrar normalidade. Enquanto saudavam a multidão presente na Praça, a carruagem foi atacada por vários disparos. Um tiro de carabina atravessou o pescoço do Rei, matando-o imediatamente. Seguiram-se vários disparos, sendo que o Príncipe Real conseguiu ainda alvejar um dos atacantes, sendo em seguida atingido na face por um outro disparo. A rainha, de pé, defende-se com o ramo de flores que lhe fora oferecido, fustigando um dos atacantes, que subira o estribo da carruagem. O infante D.Manuel é também atingido num braço. Dois dos regicidas, Manuel Buíça, professor primário expulso do Exército e Alfredo Costa, empregado do comércio e editor de obras de escândalo, são mortos no local. Outros fogem. A carruagem entra no Arsenal da Marinha, onde se verifica o óbito do Rei e o do Herdeiro do Trono, não se tendo praticado autópsias O infante sobrevivente, D.Manuel II, reinaria até 1910. Após o atentado, pediu a demissão o Governo de João Franco, que não impedira a morte do Rei. O Governo "de Acalmação" lançou um rigoroso inquérito, primeiro presidido pelos juízes Alves Ferreira e depois por José da Silva Monteiro e dr. Almeida e Azevedo que ao longo dos dois anos seguintes veio a apurar que o atentado, fora cometido por membros da Carbonária, que pretendia liquidar a Monarquia. O processo de investigação estava concluído nas vésperas do 5 de Outubro. Entretanto, tinham sido descobertos mais suspeitos do assassinato como Alberto Costa (Pad Zé), Aquilino Ribeiro, Virgílio de Sá, Domingos Fernandes e outros. Alguns dos elementos estavam refugiado no Brasil e em França, e dois pelo menos foram mortos pela Carbonária. O regicídio de 1908 acabou por abreviar a monarquia ao colocar no trono o jovem D.Manuel II e lançando os partidos monárquicos uns contra os outros, com gáudio dos republicanos. A Europa ficou revoltada com este atentado, uma vez que D.Carlos era estimado pelos restantes chefes de estado europeus. Logo a seguir à proclamação da República, o Juiz Almeida e Azevedo entregou o referido processo ao Dr. José Barbosa, membro do Governo provisório que o levou a Afonso Costa, Ministro da Justiça do Governo Provisório.
O regicida Buiça
Na madrugada do dia 1 de Fevereiro de 1908, Manuel Buíça reúne-se com Alfredo Costa e outros carbonários na Quinta do Xexé, aos Olivais, onde planeiam o atentado. No mesmo dia pelas cinco horas da tarde: almoça com Alfredo Costa e mais três desconhecidos, numa mesa a um canto do Café Gelo, que fica perto da porta para a cozinha; saiem estes para dar lugar a um outro que se senta à mesma mesa, com quem os regicidas conversam baixo. Consta que durante esta conversa Buíça terá dito, em tom jocoso, a um outro freguês do mesmo café sentado numa mesa à parte, o seguinte dito muito banal na altura: “Estamos aqui, estamos em Timor...”, relacionado já com a empresa que ia tomar em mãos. Findo o diálogo, Buíça é o primeiro a se levantar, diz aos outros dois que vai buscar o varino e o resto, seria muito provavelmente a carabina winchester, modelo 1907, nº 2137, importada da Alemanha por Heitor Ferreira; com que alvejaria dali a algumas horas o rei Dom Carlos I e o princípe-herdeiro D.Luís Filipe. Pelas quatro horas da tarde, do mesmo dia, Manuel Buíça com: Domingos Ribeiro e José Maria Nunes, posiciona-se no Terreiro do Paço, perto da estátua de D. José, ficando o primeiro perto duma árvore, frente ao Ministério do Reino, junto a um quiosque. Alfredo Costa, Fabrício de Lemos e Ximenes assumem posições debaixo da arcada do mesmo ministério; os seis aguardam a chegada do monarca. Misturados com a população que espera o desembarque da família real, acompanham atentamente a atracagem do navio a vapor: D. Luís, onde seguia a mesma. Sensivelmente às cinco horas e vinte minutos, Manuel Buíça, avançando da placa central do Terreiro do Paço, a cinco ou oito metros de distância do landau régio, descobre a carabina, assenta um joelho em terra e abre fogo à retaguarda do mesmo: atinge o rei no pescoço, partindo-lhe a coluna vertebral, que o vitima instantaneamente; Buíça alveja o rei uma segunda vez, desta feita, no ombro esquerdo. No príncipe herdeiro também é desfechado um projéctil, que lhe atravessa a face esquerda, saindo-lhe pela nuca. Finalmente, o Tenente Figueira, que escoltava o assassino  real, abate Manuel Buíça com uma estocada, não sem antes ser ainda atingido por este numa coxa.